Chèchè yo te itilize nouvo tiyo sondaj izotòp ki estab segondè-debi (HT-SIP) ak metagenomics pou jwenn premye gade nan mikrobyom aktif ki antoure yon senbyòt plant benefisye, fongis mycorhizal arbuscular (AMF). Kredi: Lawrence Livermore National Laboratory
Lyen idantite mikwòb sovaj yo ak karakteristik fizyolojik yo ak fonksyon anviwònman an se yon objektif kle pou mikrobyolojis anviwònman yo. Nan teknik ki fè efò pou objektif sa a, Stable Isotope Probing-SIP-yo konsidere kòm pi efikas pou etidye mikwo-òganis aktif nan anviwònman natirèl.
Syantis Laboratwa Nasyonal Lawrence Livermore (LLNL) yo te devlope yon nouvo teknik-wo-debi SIP-ki otomatize plizyè etap nan pwosesis la nan sonde izotòp ki estab, ki pèmèt envestigasyon nan aktivite mikwòb nan mikwo-òganis nan kondisyon reyalis, san yo pa bezwen pou kilti laboratwa.
Nan SIP, mikwòb aktif yo idantifye atravè enkòporasyon izotòp ki estab nan byomass yo. Li se pami metòd ki pi pwisan nan ekoloji mikwòb paske li ka idantifye mikwòb aktif ak karakteristik fizyolojik yo (itilize substrate, byochimik selilè, metabolis, kwasans, mòtalite) nan kominote konplèks anba kondisyon natif natal.
Tipikman, metòd SIP la mande anpil travay pratik epi sèlman pèmèt pou yon ti kantite echantiyon. Men, nouvo teknik LLNL la mande yon sizyèm kantite travay pratik konpare ak SIP manyèl la epi li pèmèt 16 echantiyon yo trete ansanm.
"Apwòch semi-otomatik nou an diminye tan operatè a ak amelyore repwodibilite pa vize etap ki pi travay-entansif nan SIP," te di LLNL syantis Erin Nuccio, ak otè prensipal yon papye ki parèt nan jounal Microbiome. "Kounye a, nou itilize apwòch sa a pou trete plis pase mil echantiyon, ki gen ladan kèk ki soti nan mikwo-abita tè ki pa etidye anpil."
Youn nan mikroabita sa yo se tè a ki antoure tisi mikoriz yo—yon kalite fongis ki fòme relasyon senbyotik ak 72% nan tout plant tè. An echanj pou kabòn plant, chanpiyon an (fongis mikoriz abuskulè) bay lame li yo resous esansyèl tankou nitwojèn, fosfò ak dlo.
Nan etid sa a prèv konsèp, otè yo te montre "web manje" nan entèraksyon ankouraje pa fongis mikoriz nan tè.
"Nou panse ke sa a se yon gwo wout pou fason kabòn plant yo vin lajman distribye nan tè a. Soil kenbe pi gwo pisin kabòn òganik pou monte bisiklèt aktivman sou planèt la,” otè korespondan Jennifer Pett-Ridge te di, ki se dirijan pwojè LLNL la ak chèf Biwo Syans Depatman Enèji “Microbes Persist” Soil Microbiome Scientific Focus Area. . "Nou sekans yon ti kantite ADN, detèmine òganis aktif yo epi nou rekonstwi genòm yo ak entèraksyon potansyèl yo."
Lòt otè LLNL yo enkli Steven Blazewicz, Marissa Lafler, Ashley Campbell, Jeffrey Kimbrel, Jessica Wollard, Rachel Hestrin ansanm ak chèchè nan Lawrence Berkeley National Laboratory, DOE Joint Genome Institute ak University of California, Berkeley.