Luigi Ricciardi 1 , Rosa Mazzeo 2,*©, Angelo Raffaele Marcotrigiano 1 , Guglielmo Rainaldi 3 , Paolo Iovieno 4 , Vito Zonno 1 , Stefano Pavan 1© ak Concetta Lotti 2,*
- 1 Depatman Syans Tè, Plant ak Manje, Jenetik Plant ak Inite Elvaj University of Bari, Via Amendola 165/A, 70125 Bari, Itali; luigi.ricciardi@uniba.it (LR);angelo.marcotrigiano@uniba.it (BRA); vito.zonno@uniba.it (VZ); stefano.pavan@uniba.it (SP)
- 2 Depatman Syans Agrikilti, Manje ak Anviwònman, University of Foggia, Via Napoli 25, 71122 Foggia, Itali
- 3 Depatman Biosyans, Biotechnologies ak Biopharmaceuticals, University of Bari, Via Orabona 4, 70125 Bari, Itali; guglielmo.rainaldi@uniba.it
- 4 Depatman Teknoloji Enèji, Bioenèji, Biorefinery ak Green Chemistry Divizyon, ENEA Trisaia Research Center, SS 106 Ionica, km 419+500, 75026 Rotondella (MT), Itali; paolo.iovieno@enea.it
* Korespondans: rosa.mazzeo@unifg.it (RM); concetta.lotti@unifg.it (CL)
Abstract:
Zonyon (Allium cepa L.) se dezyèm rekòt legim ki pi enpòtan atravè lemond e li lajman apresye pou benefis sante li yo. Malgre enpòtans ekonomik enpòtan li yo ak valè li kòm manje fonksyonèl, zonyon te mal envestige ak respè divèsite jenetik li yo. Nan la a, nou sondaj varyasyon jenetik nan "Aquaviva zonyon wouj la" (ARO), yon peyi ki gen yon istwa ki gen yon syèk nan kiltivasyon nan yon ti vil nan pwovens Bari (Apulia, Sid peyi Itali). Yo te itilize yon seri 11 makè mikwosatelit pou eksplore varyasyon jenetik nan yon koleksyon jèmplasm ki gen 13 popilasyon ARO ak twa kalite komèsyal komen. Analiz de estrikti jenetik ak metòd parametrik ak metòd ki pa parametrik te mete aksan sou ke ARO a reprezante yon pisin jèn byen defini, klèman diferan de ras peyi Tropea ak Montoro ak ki souvan fè erè. Yo nan lòd yo bay yon deskripsyon nan anpoul, anjeneral yo itilize pou konsomasyon fre, yo te evalye kontni solid idrosolubl ak pike, ki montre pi wo dous nan ARO a ki gen rapò ak de peyi yo mansyone anwo a. An jeneral, etid sa a se itil pou valorizasyon nan lavni nan ARO a, ki ta ka ankouraje atravè etikèt kalite ki ta ka kontribye nan limite fwod komèsyal ak amelyore revni yo nan ti pwopriyetè yo.
entwodiksyon
Genus Allium la gen ladan anviwon 750 espès [1], pami ki zonyon (Allium cepa L., 2n = 2x =16) se youn nan ki pi gaye. A. cepa gen yon sik bizanyèl ak konpòtman repwodiktif ki depase. Sèjousi, pwodiksyon mondyal zonyon (97.9 Mt) fè li dezyèm rekòt legim ki pi enpòtan apre tomat [2]. Depi tan lontan, anpoul zonyon yo te itilize tou de kòm manje ak nan aplikasyon popilè medsin. Vreman vre, ansyen moun peyi Lejip deja rapòte plizyè fòmil terapetik ki baze sou itilizasyon lay ak zonyon nan yon papiris medikal nan 1550 BC, Codex Ebers [3].
Sa a legim versatile ak an sante konsome anvan tout koreksyon, fre, oswa kòm pwodwi trete, epi yo itilize pou amelyore gou nan anpil asyèt. Plizyè etid resan reklame ke konsomasyon zonyon ka diminye risk pou maladi kadyovaskilè [4,5], obezite [6], dyabèt [7], ak divès fòm kansè [8-10]. Pwopriyete sante zonyon yo souvan atribiye nan nivo segondè nan de klas nan konpoze nutraceutical: flavonoid ak alk(en)yl cysteine sulphoxides (ACSOs). Premye klas la gen ladan flavonol ak anthocyanins. Quercetin se flavonol detektab prensipal la, li te ye pou antioksidan fò li yo ak pwopriyete anti-enflamatwa nan netwayaj radikal gratis ak iyon metal tranzisyon obligatwa. [11]; tandiske anthocyanins bay koulè wouj / koulè wouj violèt nan kèk varyete zonyon. Kòm pou ACSOs, ki pi abondan se izoalliin [(+)-trans-S-1-propenyl-L-cysteine sulfoxide] [12], yon asid amine souf ki pa temèt ak ki pa pwoteinojenik ki estoke nan selil yo, ki se endirèkteman responsab pou bon sant pike ak gou nan zonyon. [13]. Lè dezòd tisi yo, izoalliin fende pa anzim aliinaz la pou pwodui yon seri konpoze temèt (piruvat, amonyak, thiosulfonates ak propanethial S-oksid) ki pwovoke chire ak lakòz odè dezagreyab (pike) [14]. Pike zonyon an souvan mezire kòm kantite, pou chak gram nan pwa fre, nan asid piruvik ki te pwodwi pa idroliz. [15,16].
Nan peyi yo nan basen Mediterane a, pwopoze kòm youn nan sant divèsite segondè nan A. cepa [17,18], anpoul zonyon montre yon gwo varyasyon nan fòm, gwosè, koulè, matyè sèk, ak pike [19-22]. Anplis, fètilizasyon ki baze sou souf, pratik agronomik, kalite tè, kondisyon klimatik, ak jenotip kiltirèl oswa ras peyi yo ka enfliyanse bon jan kalite anpoul la lè yo bay valè organolèptik ak nitrisyonèl spesifik. [23-27]. Nan peyi Itali, malgre disponiblite lajè jèmplasm zonyon, sèlman kèk varyete zonyon yo souvan sibi etid syantifik ak byen karakterize. [28,29].
Karakterizasyon byen jenetik ak fenotip nan agro-divèsite biyolojik enpòtan anpil pou asire konsèvasyon apwopriye nan resous jenetik plant yo ak ankouraje itilizasyon jenotip espesifik nan chèn valè a. [30-32]. Yo souvan chwazi makè senp sekans repete (SSR) pou kat [33-35], Anprent ADN ak diskriminasyon kiltirèl [36-38], ak estimasyon serye nan varyasyon jenetik nan ak nan mitan peyi yo [39-42], Piske yo se lokal espesifik, milti-alelik, eritye kodominan, trè repwodiktif, ak apwopriye pou jenotip otomatik.
Nan etid sa a, nou konsantre atansyon nou sou yon ras tradisyonèl Apulian, "Aquaviva zonyon wouj" (ARO), ki kiltive dapre metòd agrikilti òganik nan yon ti zòn nan vil Acquaviva delle Fonti, nan pwovens Bari. (Apulia, Sid Itali). Anpoul yo nan landrace sa a yo gwo ak aplati ak koulè wouj epi yo lajman ki itilize nan resèt lokal yo. Malgre ke ARO a te genyen mak kalite "Slow Food Presidium" la, pwodiksyon li yo ta ka pi plis ankouraje ak pwoteje pa mak kalite Inyon Ewopeyen an tankou endikasyon jeyografik pwoteje (PGI) ak deziyasyon pwoteje ki gen orijin (POD), kòm sa yo ta ka kontribye nan limite a. fwod komèsyal ak amelyore revni ti pwopriyetè yo. Nan la a, makè molekilè SSR yo te itilize kòm zouti pwisan pou evalye varyasyon jenetik nan mitan popilasyon ARO yo ak diskriminasyon peyi sa a de lòt peyi Sid Italyen zonyon wouj. Anplis de sa, nou estime kontni solid pike ak idrosolubl yo nan lòd yo evalye gou ARO an relasyon ak demann sou mache a.
rezilta
Etablisman Acquaviva Koleksyon Germoplasm Zonyon Wouj ak Karakterizasyon mòfolojik
Grenn 13 popilasyon ARO peyi a, fèmye yo te bay nan kad pwojè BiodiverSO Apulia Region yo te itilize pou etabli yon koleksyon jèmplasm ARO.
Deskriptè mòfolojik, ki gen rapò ak anpoul, po, ak vyann yo te kolekte sou jèmplasm ARO ak sou twa zonyon peyi, de ki fè pati "Tropea zonyon wouj" (TRO) peyi a ak youn nan "Montoro zonyon kwiv" (MCO) peyi a (Figi 1). Tout anpoul ARO yo te plat epi yo te karakterize pa wouj ekstèn po ak vyann ak diferan tout koulè wouj. Kontrèman, vyann anpoul TRO yo te konplètman wouj, tandiske vyann anpoul MCO yo te mal pigman (Tablo S1). Analiz byochimik pèmèt yo evalye kontni an solid idrosolubl ak pike. Jan yo rapòte nan Tablo 1, valè an mwayèn nan kontni solid idrosolubl nan anpoul nan popilasyon ARO te 7.60, ak varye ant 6.00 (ARO12) ak 9.50 ° Brix (ARO11 ak ARO13). Valè sa a te pi wo pase sa yo te estime pou ras TRO ak MCO yo (4.25 ak 6.00° Brix, respektivman).
Table 1. Kontni Solid Soluble ak Valè Pungency Evalye nan Popilasyon "Acquaviva Red Zonyon" (ARO), "Tropea Red Zonyon" (TRO), ak "Montoro Copper Onion" (MCO) *.
KÒD | Kontni solid soluble (Brix) | pike (pmolg-1 FW) | ||
Vle di | CV y (%) | Vle di | CV y (%) | |
ARO1 | 6.25 D * | 5.65 | 5.84 ab * | 23.78 |
ARO2 | 7.25 DC | 4.87 | 6.51 yon | 22.98 |
ARO3 | 7.50 BCD | 9.42 | 5.28ab | 22.88 |
ARO4 | 7.50 BCD | 0.00 | 6.97 yon | 3.74 |
ARO 5 | 7.50 BCD | 0.00 | 6.80 yon | 9.68 |
ARO6 | 6.25 D | 5.65 | 4.51ab | 39.18 |
ARO7 | 7.25 DC | 4.87 | 5.25ab | 15.44 |
ARO8 | 9.00 AB | 0.00 | 7.04 yon | 3.49 |
ARO9 | 8.25 ABC | 4.28 | 6.84 yon | 0.15 |
ARO10 | 7.00 DC | 0.00 | 5.94ab | 6.57 |
ARO11 | 9.50 a | 7.44 | 5.54ab | 16.43 |
ARO12 | 6.00 D | 0.00 | 4.91ab | 9.70 |
ARO13 | 9.50 a | 7.44 | 6.63 yon | 24.93 |
MCO | 6.00 D | 0.00 | 4.18ab | 2.66 |
TRO1 | 4.25 E | 8.31 | 2.80 b | 2.10 |
TRO2 | 4.25 E | 8.31 | 4.28ab | 4.79 |
* Vle di ki gen menm lèt majiskil oswa miniskil yo pa estatistikman diferan nan 0.01P oswa 0.05P, respektivman (Tès SNK a). y Koefisyan varyasyon.
Valè an mwayèn nan pike ARO, evalye pa vle di nan kontni asid piruvik, te 6.00, alan soti nan 4.51 pmol g.-1 FW (ARO6) pou 7.04 (ARO8). Valè sa a te pi wo pase sa yo te estime nan ras peyi TRO ak MCO (3.54 pmol g-1 FW ak 4.18 pmol g-1 FW, respektivman).
SSR Polymorphism ak Jenetik Relasyon nan mitan Aksesyon
Nan etid prezan an, 11 sou 37 konbinezon SSR ki te teste yo te bay polimorfism yon sèl-locus, sa vle di, ki bay pi plis de pwodwi anplifikasyon nan yon sèl moun. An jeneral, 55 alèl yo te detekte nan 320 moun ak yon kantite alèl pou chak locus sòti nan 2 (ACM147 ak ACM 504) a 11 (ACM132) ak yon valè mwayèn de 5 alèl (Tablo 2). Nan popilasyon endividyèl yo, kantite alèl (Na) te varye ant 1.94 (ACM147 ak ACM504) a 5.38 (ACM132), tandiske kantite efikas alèl (Ne) te varye ant 1.41 (ACM152) ak 2.82 (ACM449). Diferans ant Na ak Ne valè yo te akòz prezans nan alèl ak frekans ki ba nan popilasyon yo ak dominasyon nan sèlman kèk alèl. Valè eterozigozite (Ho) ki te obsève ki pi wo a te make pou ACM138 ak ACM449 (0.62), tandiske youn ki pi ba a te asosye ak ACM152 (0.25). Eterozigoz te espere (Li), ki koresponn ak atant teyorik la nan yon popilasyon panmictik, te varye ant 0.37 (ACM504) ak 0.61 (ACM132, ACM138, ak ACM449). Endèks fiksasyon Wright la (Fis), montre valè ki toupre zewo (mwayèn 0.05) pou tout makè yo, ki endike valè menm jan an ant nivo eterozygozite yo obsève ak espere, jan yo espere pou yon espès ki depase. Efikasite makè SSR endividyèl yo nan anprent jenetik te estime pa endèks kontni enfòmasyon polimòfik (PIC), ak yon valè mwayèn de 0.48 ak varye ant 0.33 (ACM504) ak 0.67 (ACM132). Yon lòt endèks efikasite, Shannon's Information Index (I) te montre yon valè mwayen de 0.84, ak sipoze valè yo varye ant 0.45 (ACM152) ak 1.20 (ACM132).
Table 2. Karakteristik polimorfis nan 11 makè SSR yo itilize pou estime divèsite jenetik nan popilasyon ARO, TRO ak MCO. Kantite Total Alèl (Na), Ranje Gwosè Band, ak Endèks Kontni Enfòmasyon Polimòfik (PIC) Fè referans a Ansanm Total 320 Endividi Genotiped nan Etid sa a. Kantite alèl (Na), kantite alèl efikas (Ne), eterozigoz obsève (Ho), eterozigoz espere (He), endèks fiksasyon (F).is), ak Endèks Enfòmasyon Shannon (I) refere a Valè Mwayèn Kalkile Apati 16 Popilasyon, Chak Konpoze Pa 20 Endividi.
Locus. | Total Na | Ranje gwosè (bp) | PIC | Vle di | |||||
Na | Ne | Ho | He | I | Fis | ||||
ACM91 | 4 | 189-205 | 0.40 | 2.63 | 1.72 | 0.38 | 0.39 | 0.66 | 0.04 |
ACM101 | 4 | 229-241 | 0.52 | 2.94 | 2.37 | 0.53 | 0.56 | 0.92 | 0.06 |
ACM132 | 11 | 186-248 | 0.67 | 5.38 | 2.78 | 0.55 | 0.61 | 1.20 | 0.09 |
ACM138 | 5 | 242-272 | 0.66 | 3.69 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.09 | -0.02 |
ACM147 | 2 | 264-266 | 0.37 | 1.94 | 1.83 | 0.44 | 0.44 | 0.62 | -0.01 |
ACM152 | 4 | 228-244 | 0.25 | 2.38 | 1.41 | 0.25 | 0.27 | 0.45 | 0.07 |
ACM235 | 4 | 286-298 | 0.41 | 2.81 | 1.77 | 0.44 | 0.41 | 0.72 | -0.06 |
ACM446 | 6 | 108-120 | 0.56 | 3.50 | 2.48 | 0.49 | 0.58 | 1.01 | 0.16 |
ACM449 | 8 | 120-140 | 0.66 | 4.88 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.18 | -0.03 |
ACM463 | 5 | 202-210 | 0.47 | 3.38 | 1.95 | 0.46 | 0.48 | 0.83 | 0.05 |
ACM504 | 2 | 188-192 | 0.33 | 1.94 | 1.64 | 0.30 | 0.37 | 0.54 | 0.20 |
Vle di | 5 | 0.48 | 3.22 | 2.15 | 0.46 | 0.48 | 0.84 | 0.05 |
Pami popilasyon yo, ARO3, ARO6, ARO8, ARO10, TRO1, ak MCO parèt wo nivo varyasyon jenetik (Ho> 0.5), tandiske divèsite ki pi ba a te obsève nan popilasyon ARO7 (Ho = 0.27) (Tablo Siplemantè S2). An jeneral, tout asansyon yo te montre Fis valè pre zewo (Fis valè mwayen = 0.054), jan yo espere nan kondisyon kwazman o aza.
Analiz de divèjans molekilè ak estrikti jenetik
AMOVA te kalkile patisyon yerarchik varyasyon jenetik nan mitan ak nan popilasyon yo. Rezilta yo mete aksan sou yon fraksyon konsiderab nan varyasyon jenetik nan popilasyon (87%). Varyasyon pami popilasyon yo, 13%, te trè enpòtan (P <0.001) (Tablo 3). Valè pè nan paramèt Fpt, yon analogue nan endèks fiksasyon Fst Wright la, sòti nan 0.002 (ARO2/ARO10) a 0.468 (ARO7/TRO2), yo te enpòtan (P <0.05), eksepte pou nèf konparezon par (Tablo Siplemantè S3).
Table 3. Analiz de divèjans molekilè nan 320 jenotip soti nan 16 popilasyon nan allium cepa L.
sous | df | Sòm nan kare | Estimasyon divèjans | Divèjans (%) | Fpt | P |
Pami popilasyon yo | 15 | 458.63 | 1.16 | 13% | ||
Nan popilasyon yo | 304 | 2272.99 | 7.50 | 87% | 0.134 | 0.001 |
Total | 319 | 2731.62 | 8.66 |
Ankèt sou estrikti jenetik nan A. cepa koleksyon jenotip nan etid sa a te fèt pa mwayen analiz gwoupman ki baze sou modèl melanj ki te aplike nan STRUCTURE lojisyèl an. Metòd Evano AK te sijere sibdivizyon an de grap (K = 2) kòm pi enfòmatif pou nou an. ansanm,ak the pwochen pi wo peak nan K = 5 (Règ siplemantè S1). Yon pou K = 2, ahpopulations were bourikigned pou onakf de grap yo ak yon rnernbertoip koyefisyan (q) > 0.7. Kòm shown nan figi 2a, premye gwoup la (ki rele S1) te gen ladan MCO ak tout popilasyon ARO, tandiske gwoup S2 te gwoupe de popilasyon TRO yo. Nan K = 5, bay yon deskripsyon pi fon nan seri done a (Figi 2b), 75% nan asansyon yo te asiyen nan youn nan senk gwoup la. Separasyon ant ARO (S1) ak TRO (S2) te konfime, byenke kèk popilasyon ARO yo te melanje (q <0.7) oswa gwoupe separeman nan de nouvo gwoup S3 ak S4 (ARO7 ak ARO12, respektivman). Enteresan, kalite komèsyal MCO a te fòme yon gwoup distenk (S5) separe de zonyon wouj Apulian an.
Relasyon jenetik nan mitan popilasyon yo
Polimorfism SSR pèmèt yo trase yon dendrogram nan divèsite jenetik ak rezilta yo nan analiz filojenetik yo montre nan Figi. 3a. Isit la, koleksyon an jèmplasm te divize an senk gwoup fòtman sipòte pa valè bootstrap. Popilasyon ARO7 ak ARO12 yo te imedyatman separe de popilasyon ki rete yo epi yo te fòme de gwoup diferan. Twazyèm gwoup la te enkli de popilasyon komèsyal TRO yo, pandan se tan katriyèm ne a te divize MCO ak onz popilasyon ARO. Relasyon jenetik ki fèt nan mitan popilasyon yo te plis envestige pa mwayen analiz kowòdone prensipal (PCoA) (Figi 3b). Jan te souliye deja, popilasyon ARO yo te gwoupe byen, eksepte ARO12 ak ARO7, ki te parèt nan pozisyon izole nan trase PCoA la. De TRO yo ak popilasyon MCO yo te gaye nan panèl ki pi ba-dwat nan konplo a.
Figi 3. Divèsite jenetik nan mitan 16 A. cepa popilasyon karakterize nan etid sa a, ki baze sou pwofil SSR yo. (a) UPGMA dendrogram nan distans jenetik. Valè sipò Bootstrap> 50 yo endike anwo nœuds korespondan yo; (b) analiz eleman prensipal (PCoA). Gwoup la makonnen an wouj konplètman matche ak gwoup la ki te pwodwi pa analiz filogenetik ak konstitye pa 11 asansyon ARO.
Diskisyon
Nan gwo kantite agro-divèsite biyolojik ki kiltive tradisyonèlman nan sid peyi Itali, zonyon peyi reprezante pwodwi nich ki bezwen konsève kont risk ewozyon jenetik ak menas pou ranplasman pa cultivar modèn. Nan kad pwojè rejyonal BiodiverSO a, ki vize pou kolekte, karakterize, pwomouvwa, ak pwoteje resous jenetik nan rejyon Apulia fòtman lye nan eritaj lokal la, nou te etabli yon koleksyon grenn nan 13 popilasyon nan ras la ARO. Nou rapòte premye evalyasyon varyasyon ARO an tèm de polimorfism ADN ak de paramèt byochimik, sa ki ka fonn solid ak asid piruvik, ki gen rapò ak karakteristik gou ak enpòtans pou akseptasyon nan pwodwi yo fre ki pa kwit. Anplis de sa, done sou landrace ARO yo te konpare ak sa yo kolekte sou de lòt peyi zonyon pigman ak ki li souvan fè erè.
Analiz byochimik yo mete aksan sou dous 13 popilasyon ARO yo, ki gen rapò ak kontni solid solid idrosolubl ak mwayen pike, dapre direktiv endistri zonyon dous yo. [31]. Anpoul ARO yo te pi dous pase ras TRO ak MCO yo, epi yo te montre yon ti kras pi wo. Sepandan, dous nan zonyon se akòz yon balans ant kontni sik ak pike, Se poutèt sa karakterizasyon sa a ta ka itil sipòte seleksyon an nan jenotip ki gen valè, anjeneral, te pote soti nan kiltivatè sèlman ki baze sou mòfoloji a.
Makè SSR yo te konfime yo se yon zouti itil pou fè diskriminasyon jenotip, byenke yo kolekte nan yon zòn k ap grandi etwat tankou vil Acquaviva delle Fonti. Makè yo chwazi yo montre pi gwo kantite alèl pase makè yo te rapòte deja [43] ak [44], men pi ba pase makè yo rapòte pa [45]. Anplis de sa, 50% nan seri makè nou an te montre valè endèks PIC ki pi gran pase 0.5, sa ki pwouve yo dwe apwopriye pou fè diskriminasyon popilasyon yo nan koleksyon an, jan sijere pa [46]. Evalyasyon divèsite nan popilasyon yo revele valè menm jan an ant Ho ak He, sa ki lakòz yon Fi ki bas valè. Sa a se nan akò ak nati a soti-travèse nan A. cepa, ki seryezman soufri de depresyon inbreeding [47]. Fi an jenerals valè kalkile nan popilasyon zonyon yo konsidere nan etid sa a (0.054) te pi ba pase sa ki te deja rapòte pa [45] (0.22) ak prèske ki idantik ak youn nan jwenn pa [31] (0.08) ak [48] (0.00) ki te evalye divèsite jenetik nan ras zonyon ki soti nan nòdwès Espay ak Nijè, respektivman. Nivo eterozigozite enpòtan nan popilasyon ARO ranfòse nosyon ke Apulia reprezante yon sant divèsite pou anpil espès ortikol. [32, 42, 49-51].
AMOVA te mete aksan sou ke pifò varyasyon molekilè nan koleksyon jenotip nan etid sa a se nan popilasyon yo. Sepandan, diferansye jenetik enpòtan nan mitan popilasyon yo (FPT valè) revele ensidan an nan stratifikasyon jenetik. An reyalite, byenke rezilta nou yo te endike prezans inifòmite jenetik nan pifò popilasyon ARO yo, ki fòme yon grap byen defini, popilasyon ARO7 ak ARO12 yo te montre yon pwofil jenetik byen klè. Rezilta sa a te kapab akòz yon orijin diferan nan semans de kiltivatè yo te itilize nan kote popilasyon yo te kolekte. Anplis de sa, dapre rezilta yo jwenn, yo ka konsidere ras peyi ARO a klèman distenk nan nivo jenetik ak ras TRO ak MCO yo. Nan yon etid resan, [29] te evalye divèsite jenetik plizyè zonyon peyi Italyen ki gen ladan "Acquaviva," "Tropea," ak "Montoro." Malgre ke otè yo te itilize makè SNP pou evalye divèsite jenetik yon koleksyon zonyon pi laj, jenotip la pa t kapab fè diskriminasyon "Acquaviva" ak zonyon "Tropea" ak "Montoro". Pwobableman, diferans sa a se akòz valè PIC mwayèn ki ba yo te jwenn (0.292), ki sijere yon modès enfòmasyon jeneral nan loci yo anba analiz jan sa reklame pa. [29]. Anplis de sa, yo nan lòd yo mennen ankèt sou prezans nan sub-estrikti nan gwoup Italyen yo, li ta pi bon analize jenotip Italyen yo separeman de rès la nan koleksyon an. Pwobableman li ta pèmèt yo vizyalize modèl divèsite jenetik ki lye ak stratifikasyon jewografik oswa karakteristik anba seleksyon anpirik.
An konklizyon, etid sa a reprezante yon rapò konplè sou yon ras zonyon ki asosye ak eritaj kiltirèl lokal e ki gen enpòtans ekonomik pou kiltivatè yo. Rezilta nou yo mete aksan sou ke, ak kèk eksepsyon, ARO karakterize pa yon pisin jèn byen defini, ki merite yo dwe konsève kont risk ewozyon jenetik. Se poutèt sa, etablisman an nan yon koleksyon reprezantan nan sous sa a ki gen anpil valè nan divèsite jenetik te enpòtan anpil. Finalman, karakterizasyon jenetik ak fenotipik ARO ta ka itil pou jwenn mak kalite nan Inyon Ewopeyen an.
Materyèl ak Metòd
Koleksyon Germoplasm, Materyèl Plant, ak Ekstraksyon ADN
Yon seri 13 popilasyon nan ras peyi ARO yo te akeri nan kad yon pwojè rejyon Apulia (BiodiverSO: https://www.biodiversitapuglia.it/), atravè yon seri misyon ki te fèt nan "Acquaviva delle Fonti", yon ti vil Apulian nan pwovens Bari, Itali. Sit koleksyon chak asansyon yo te make atravè Sistèm Enfòmasyon Jeyografik (GIS) epi yo te rapòte nan Tablo 4. Anplis de sa, de popilasyon ki soti nan peyi TRO a ak yon popilasyon ki soti nan peyi MCO a te enkli nan etid prezan an epi yo te itilize kòm referans. Tout materyèl plant la te grandi nan menm kondisyon anviwònman yo nan fèm eksperimantal "P Martucci" nan University of Bari (41° 1'22.08″ N, 16°54'25.95″ E), anba kalòj pwoteksyon pou fè pou evite kwa polinizasyon nan mitan. popilasyon yo ak asire polinizasyon andedan popilasyon an pa mwayen blowflies (Lucilia Caesar). 16 popilasyon yo te karakterize pou karakteristik ki gen rapò ak gwosè ak fòm anpoul ak koulè po ak vyann (Tablo S1). Anplis de sa, yo te fè tès solid idrosolubl lè l sèvi avèk yon refraktomèt ki kenbe men yo ak pike yo te mezire nan echantiyon ji zonyon ajoute 2,4-dinitrophenyl idrazin (0.125% v/v nan 2N nan HCl) ak evalye absòbe nan 420 nm, jan yo rapòte pa [31]. Tès miltip Duncan a ak tès SNK la te fèt pou detèmine prezans diferans enpòtan.
Table 4. Lis Popilasyon yo kolekte epi genotip nan etid sa a. Pou Chak Popilasyon, Kòd Idantifikasyon, Non Lokal, Kowòdone GPS, ak Gene Bank Prezève Grenn yo.
Kòd | Non | GPS Kowòdone | Gene Bank y |
ARO1 | Cipolla wouj nan Acquaviva | 40°54’21.708″ N 16°49’1.631” E | Di.SSPA |
ARO2 | Cipolla wouj nan Acquaviva | 40°53’14.28″ N 16°48’56.879” E | Di.SSPA |
ARO3 | Cipolla wouj nan Acquaviva | 40°54’11.304″ N 16°49’13.079” E | Di.SSPA |
ARO4 | Cipolla wouj nan Acquaviva | 40°54’3.348″ N 16°40’27.011” E | Di.SSPA |
ARO5 | Cipolla wouj nan Acquaviva | 40°51’59.76″ N 16°53’0.527” E | Di.SSPA |
ARO6 | Cipolla wouj nan Acquaviva | 40°52’48.72″ N 16°49’43.247” E | Di.SSPA |
ARO7 | Cipolla wouj nan Acquaviva | 40°53’13.47″ N 16°50’23.783” E | Di.SSPA |
ARO8 | Cipolla wouj nan Acquaviva | 40°53’18.816″ N 16°49’33.888” E | Di.SSPA |
ARO9 | Cipolla wouj nan Acquaviva | 40°54'51.372″ N 16°49'3.504" E | Di.SSPA |
ARO10 | Cipolla wouj nan Acquaviva | 40°54’1.188″ N 16°49’24.311” E | Di.SSPA |
ARO11 | Cipolla wouj nan Acquaviva | 40°52'49.8″ N 16°49'48.575" E | Di.SSPA |
ARO12 | Cipolla wouj nan Acquaviva | 40°52’38.892″ N 16°49’28.379” E | Di.SSPA |
ARO13 | Cipolla wouj nan Acquaviva | 40°53’21.768″ N 16°49’29.711” E | Di.SSPA |
TRO1 | Cipolla rossa lunga di Tropea | - | Di.SSPA |
TRO2 | Cipolla rossa tonda di Tropea | - | Di.SSPA |
MCO | Cipolla ramata di Montoro | - | Di.SSPA |
y Di.SSPA, Depatman Syans Tè, Plant ak Manje, University of Bari. |
Materyèl fèy nan 20 jenotip pou chak popilasyon yo te pran echantiyon epi estoke nan -80 ° C jiskaske yo itilize. Pou espès ki rich ak polisakarid, tankou A. cepa, premye etap yo retire polisakarid yo esansyèl pou jwenn bon jan kalite ADN, kidonk premye lave nan tanpon STE (0.25 M sikwoz, 0.03 M Tris, 0.05 M EDTA) yo te fèt jan sa dekri pa. [52]. ADN total yo te ekstrè apre metòd CTAB la [53] epi finalman li te tcheke pou bon jan kalite ak konsantrasyon pa Nano Drop 2000 UV-vis spectrophotometer (ThermoScientific, Waltham, MA, USA) ak 0.8% agarose jèl electrophoresis.
SSR analiz
16 EST-SSR Jadendanfan konbinezon devlope pa [54] ak deja teste nan etid divèsite jenetik pa [43] ak [44] ak 21 SSR jenomik [45-55] yo te fè tès depistaj pou evalye konvnab yo (Tablo Siplemantè S4). Genotyping te fèt lè l sèvi avèk metòd ekonomik fluorescent balisage kote yo ajoute ke M13 nan chak premye SSR pi devan. [56]. Melanj PCR yo te prepare nan 20 gL reyaksyon ki genyen: 50 ng nan ADN total, 0.2 mM nan melanj dNTP, 1X nan tanpon reyaksyon PCR, 0.8 U nan DreamTaq DNA polymerase (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA), 0.16 gM nan Jadendanfan ranvèse. , 0.032 gM nan Jadendanfan pi devan pwolonje ak sekans M13 la (5′-TGTAAAACGACGGCCAGT-3′), ak 0.08 gM nan yon Jadendanfan inivèsèl M13 ki make ak koloran fliyoresan FAM oswa NED (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA). Reyaksyon PCR yo te fèt nan thermocycler SimpliAmp (Applied Biosystems, CA, USA) ak kondisyon sa yo pou majorite pè primè yo: 94 °C pou 5 min, 40 sik nan 94 °C pou 30 s, 58 °C. pou 45 s ak 72 °C pou 45 s ak yon elongasyon final nan 72 °C pou 5 min. Kòm pou ACM446 ak ACM449, yo te aplike yon PCR touchdown ak rkwir nan 60 °C a 55 °C sou 10 sik, 30 sik nan 55 °C, ki te swiv pa yon ekstansyon final nan 5 min nan 72 °C. Pwodwi PCR yo te chaje nan yon plak 96-byen epi melanje ak 14 gL Hi-Di Formamide (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) ak 0.5 gL GeneScan 500 ROX Size Standard (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Amplicons yo te rezoud pa mwayen ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analyzer (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) machin kapilè sekans, kote alèl yo te bay nòt kòm ko-dominan ak asiyen lè l sèvi avèk GeneMapper Software Version 3.7.
Lojisyèl yo GenAlEx 6.5 [57] ak Cervus 3.0.7 [58] yo te itilize pou estime kantite alèl (Na), kantite alèl efikas (Ne), eterozigozite obsève (Ho), eterozigozite espere (He), kontni enfòmasyon polimòfik (PIC), endèks enfòmasyon Shannon (I), ak endèks fiksasyon (Fis). ) pou chak locus SSR.
Evalyasyon Divèsite Jenetik
GenAlEx 6.5 te evalye patisyon yerarchik varyasyon jenetik nan mitan ak nan popilasyon zonyon yo. [57] atravè analiz molekilè divèjans (AMOVA) ak 999 bootstrapping pou teste siyifikasyon. Anplis, GenAlEx 6.5 lojisyèl te itilize pou estime divèsite nan chak popilasyon lè yo kalkile mwayèn Ho, He, ak Fis sou tout loci SSR yo.
Estrikti popilasyon an te dedwi pa algorithm clustering ki baze sou modèl Bayezyen ki te aplike nan lojisyèl STRUCTURE v.2.3.4. [59]. Seri done a te kouri ak yon kantite grap ipotetik (K), sòti nan 1 a 10, mete dis kouri endepandan pou chak valè K. Pou chak kouri, vize verifye konsistans rezilta yo, yo te fè 100,000 premye peryòd boule ak 100,000 iterasyon Markov Chain Monte Carlo (MCMC) anba modèl melanj ak frekans alèl endepandan nan mitan popilasyon yo. Yo te detèmine valè K ki gen plis chans pou aplike metòd AK, ki dekri pa [60], nan pwogram ki baze sou entènèt STRUCTURE HARVESTER [61]. Yo te asiyen yon popilasyon endividyèl nan yon gwoup espesifik lè koyefisyan manm li (valè q) te pi wo pase 0.7, otreman li te konsidere kòm yon zansèt melanje.
Yo te fè analiz kowòdone prensipal yo nan lòd yo vizyalize modèl relasyon jenetik nan mitan asansyon revele pa matris distans jenetik Nei a (Tablo Siplemantè S5). Baze sou frekans alèl yo, yo te konstwi yon dendrogram nan distans jenetik pou aplike metòd gwoup pè ki pa pondere ak analiz gwoup mwayèn aritmetik (UPGMA) nan lojisyèl POPTREEW. [62]. Bootstrapping te aplike pou evalye konfyans nan gwoupman yerachik, mete 100 réchantillonnage nan seri done a. Finalman, MEGA X lojisyèl [63] te itilize kòm lojisyèl desen pyebwa.
Materyèl siplemantè: Sa ki annapre yo disponib sou entènèt nan http://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/260/s1. Tablo S1: Karakterizasyon mòfolojik nan anpoul ARO, MCO, ak TRO. Tablo S2: Endis eterozigoz ak fiksasyon yo kalkile pou ras peyi ARO ak ras peyi TRO ak MCO. Tablo S3: Valè pè nan paramèt Fpt la. Tablo S4: Lis SSR yo itilize nan etid la. Tablo S5. Pairwise matris popilasyon nan Nei distans jenetik. Figi S1: Tablo liy K valè ki chanje ak Delta K Evano a.
Otè kontribisyon: CL ak LR te vin ansent etid la epi yo te fèt eksperyans la; CL ak PI fè analiz molekilè makè; ARM ak VZ te fè esè jaden yo; RM, SP, GR, ak CL te patisipe nan analiz done; RM ak CL te ekri maniskri a. Tout otè yo te li epi yo te dakò ak vèsyon ki te pibliye maniskri a.
Finansman: Travay sa a te finanse pa pwojè Rejyonal Apulian "Divèsite Biyolojik nan espès legim Apulian"-Programma di Sviluppo Rurale per la Puglia 2014-2020. Misura 10—Sottomisura 10.2; sibvansyon CUP H92C15000270002, Itali.
Remèsiman: Rekonesans yo se akòz "Azienda Agricola Iannone Anna" ak "Associazione produttori della vera cipolla rossa di Acquaviva" pou bay materyèl plant yo itilize nan eksperyans la.
Konfli enterè: Otè yo deklare okenn konfli enterè.
Referans
- 1. Stearn, WT Konbyen espès Allium yo konnen? Kew Mag. 1992, 9,180-182. [CrossRef]
- 2. FAOSTAT. Baz done estatistik FAO. Disponib sou entènèt: http://www.fao.org/2017 (aksede sou 8 janvye 2019).
- 3. Blòk, E. Chimi nan lay ak zonyon. Sci. Am. 1985, 252,114-119. [CrossRef]
- 4. Lee, B.; Jung, JH; Kim, HS Evalyasyon zonyon wouj sou aktivite antioksidan nan rat. Manje Chem. Toksik. 2012, 50, 3912 3919-. [CrossRef]
- 5. Lee, SM; Lalin, J.; Chung, JH; Cha, YJ; Shin, MJ Efè ekstrè kale zonyon ki rich ak quercetin sou tronboz atè nan rat. Manje Chem. Toksik. 2013, 57, 99 105-. [CrossRef] [PubMed]
- 6. Yoshinari, O.; Shiojima, Y.; Igarashi, K. Efè anti-obezite ekstrè zonyon nan rat gra dyabetik zucker. Eleman nitritif 2012, 4,1518-1526. [CrossRef]
- 7. Akash, MSH; Rehman, K.; Chen, S. Spice plant Allium cepa: sipleman dyetetik pou tretman dyabèt tip 2. Nitrisyon 2014, 30,1128-1137. [CrossRef] [PubMed]
- 8. Wang, Y.; Tian, WX; Ma, XF Efè Inhibition nan zonyon (Allium cepa L.) ekstrè sou pwopagasyon selil kansè yo ak adiposit atravè inhibition asid gra synthase. Pac Azyatik. J. Kansè Prev. 2012,13, 5573 5579-. [CrossRef] [PubMed]
- 9. Lai, WW; Hsu, SC; Chueh, FS; Chen, YY; Yang, JS; Lin, JP; Lien, JC; Tsai, CH; Chung, JG Quercetin inibit migrasyon ak envazyon nan selil kansè oral imen SAS atravè anpèchman nan NF-kappaB ak matris metaloproteinase-2/-9 siyal chemen. Antikanse Res. 2013, 33,1941-1950. [PubMed]
- 10. Nicastro, HL; Ross, SA; Milner, JA Lay ak zonyon: Pwopriyete prevansyon kansè yo. Kansè Prev. Res. 2015, 8,181-189. [CrossRef]
- 11. Forte, L.; Torricelli, P.; Boanini, E.; Gazzano, M.; Rubini, K.; Fini, M.; Bigi, A. Antioksidan ak pwopriyete reparasyon zo nan hydroxyapatite quercetin-fonctionalized: Yon etid in vitro osteoblast-osteoclast-endothelial selil ko-kilti. Acta Biomater. 2016, 32, 298 308-. [CrossRef]
- 12. Yamazaki, Y.; Iwasaki, K.; Mikami, M.; Yagihashi, A. Distribisyon nan onz gou précurseurs, dérivés S-Alk(en)yl-L-cysteine, nan sèt legim Allium. Manje Sci. Teknoloji. Res. 2011, 17, 55 62-. [CrossRef]
- 13. Blòk, E. Chimi organosulfur Genus Allium-Enplikasyon pou chimi òganik souf. Angew. Chem. Ent. Ed. Engl. 1992, 31,1135-1178. [CrossRef]
- 14. Griffiths, G.; Trueman, L.; Crowther, T.; Toma, B.; Smith, B. Zonyon-Yon benefis mondyal pou sante. Phytother. Res. 2002,16, 603 615-. [CrossRef]
- 15. Schwimmer, S.; Weston, WJ Enzymatic devlopman nan asid piruvik nan zonyon kòm yon mezi pike. J. Agric. Manje Chem. 1961, 9, 301 304-. [CrossRef]
- 16. Ketter, CAT; Randle, WM Pungency evalyasyon nan zonyon. Nan Etid teste pou ansèyman laboratwa; Karcher, SJ, Ed.; Association for Biology Laboratory Education (ABLE): New York, NY, USA, 1998; Volim 19, pp 177-196.
- 17. Hanelt, P Taksonomi, evolisyon, ak istwa. Nan Zonyon ak rekòt alye yo, Vol. I. Botanik, Fizyoloji ak Jenetik; Rabinowitch, HD, Brewster, JL, Eds.; CRC Press: Boca Raton, FL, USA, 1990; paj 1-26.
- 18. Rabinowitch, HD; Curra, L. Allium Crop Science: Recent Advances; Piblikasyon CABI: Wallingford, UK, 2002.
- 19. Mallor, C.; Carravedo, M.; Estopanan, G.; Mallor, F. Karakterizasyon resous jenetik zonyon (Allium cepa L.) soti nan sant segondè panyòl divèsite. Espansyon. J. Agric. Res. 2011, 9,144-155. [CrossRef]
- 20. Ferioli, F.; D'Antuono, LF Evalyasyon fenolik ak sulfoksid sistein nan zonyon lokal ak jèmplasm echalot soti nan peyi Itali ak Ikrèn. Genet. Resous. Rekòt Evol. 2016, 63, 601 614-. [CrossRef]
- 21. Petropoulos, SA; Fernandes, A.; Barros, L.; Ferreira, ICFR; Ntatsi, G. Morphological, nitrisyonèl ak chimik deskripsyon 'vatikiotiko', yon zonyon lokal peyi Lagrès. Manje Chem. 2015,182,156-163. [CrossRef]
- 22. Liguori, L.; Adiletta, G.; Nazzaro, F.; Fratianni, F.; Di Matteo, M.; Albanese, D. Byochimik, pwopriyete antioksidan ak aktivite antimikwòb nan varyete diferan zonyon nan zòn Mediterane a. J. Food Meas. Karaktè. 2019,13,1232-1241. [CrossRef]
- 23. Yoo, KS; Pike, L.; Crosby, K.; Jones, R.; Leskovar, D. Diferans nan pike zonyon akòz cultivar, anviwònman kwasans, ak gwosè anpoul. Sci. Hortic. 2006,110,144-149. [CrossRef]
- 24. Beesk, N.; Perner, H.; Schwarz, D.; George, E.; Kroh, LW; Rohn, S. Distribisyon quercetin-3, 4′-O-diglucoside, quercetin-4′-O-monoglucoside, ak quercetin nan diferan pati nan anpoul la zonyon (Allium cepa L.) enfliyanse pa jenotip. Manje Chem. 2010,122, 566 571-. [CrossRef]
- 25. Caruso, G.; Kont, S.; Villari, G.; Borrelli, C.; Melchionna, G.; Minutolo, M.; Russo, G.; Amalfitano, C. Efè tan transplantasyon ak dansite plant sou sede, bon jan kalite ak kontni antioksidan nan zonyon (Allium cepa L.) nan sid peyi Itali. Sci. Hortic. 2014,166,111-120. [CrossRef]
- 26. Perez-Gregorio, MR; Regueiro, J.; Simal-Gandara, J.; Rodrigues, AS; Almeida, DPF Ogmante valè a ajoute nan zonyon kòm yon sous flavonoid antioksidan: Yon revizyon kritik. Kritik. Rev Manje Sci. Noutr. 2014, 54,1050-1062. [CrossRef] [PubMed]
- 27. Pohnl, T.; Schweigert, RM; Carle, R. Enpak metòd kiltivasyon ak seleksyon cultivar sou idrat kabòn idrosolubl ak prensip pike nan zonyon. (Allium cepa L.). J. Agric. Manje Chem. 2018, 66,12827-12835. [CrossRef] [PubMed]
- 28. Tedesco, I.; Carbone, V.; Spagnuolo, C.; Minasi, P.; Russo, GL Idantifikasyon ak quantification de flavonoïdes de cultivars sid Italyen de allium cepa L., Tropea (zonyon wouj) ak Montoro (zonyon kòb kwiv mete), ak kapasite yo nan pwoteje eritrosit imen soti nan estrès oksidatif. J. Agric. Manje Chem. 2015, 63, 5229 5238-. [CrossRef]
- 29. Villano, C.; Esposito, S.; Carucci, F.; Frusciante, L.; Carputo, D.; Aversano, R. Genotip segondè-debi nan zonyon revele estrikti nan divèsite jenetik ak SNPs enfòmatif itil pou elvaj molekilè. Mol. Kwaze. 2019, 39, 5. [CrossRef]
- 30. Mercati, F.; Longo, C.; Poma, D.; Araniti, F.; Lupini, A.; Mammano, MM; Fiore, MC; Abenavoli, MR; Sunseri, F Varyasyon jenetik nan yon tomat Italyen ki dire lontan (Solanum lycopersicum L.) koleksyon lè l sèvi avèk SSR ak karakteristik fwi mòfolojik. Genet. Resous. Rekòt Evol. 2014, 62, 721 732-. [CrossRef]
- 31. Gonzalez-Perez, S.; Mallor, C.; Garces-Claver, A.; Merino, F.; Taboada, A.; Rivera, A.; Pomar, F.; Perovic, D.; Silvar, C. Eksplore divèsite jenetik ak karakteristik kalite nan yon koleksyon zonyon (Allium cepa L.) peyi ki soti nan nòdwès Espay. Jenetik 2015, 47, 885 900-. [CrossRef]
- 32. Lotti, C.; Iovieno, P.; Centomani, I.; Marcotrigiano, AR; Fanelli, V.; Mimiola, G.; Summo, C.; Pavan, S.; Ricciardi, L. Jenetik, bio-agronomik, ak karakterizasyon nitrisyonèl nan kale (brassica oleracea L. var. acephala) divèsite nan Apulia, Sid Itali. Divèsite 2018,10, 25. [CrossRef]
- 33. Bardaro, N.; Marcotrigiano, AR; Bracuto, V.; Mazzeo, R.; Ricciardi, F.; Lotti, C.; Pavan, S.; Ricciardi, L. Jenetik analiz de rezistans a Orobanche krenata (Forsk.) nan yon pwa (Pisum sativum L.) liy ba-strigolakton. J. Plant Pathol. 2016, 98, 671-675.
- 34. Wako, T.; Tsukazaki, H.; Yaguchi, S.; Yamashita, K.; Ito, S.; Shigyo, M. Mapping of quantitative trait loci for bolting time in bunching zonyon (Allium fistulosum L.). Euphytica 2016, 209, 537 546-. [CrossRef]
- 35. Daka, N.; Mukhopadhyay, A.; Paritosh, K.; Gupta, V.; Pental, D.; Pradhan, AK Idantifikasyon SSR jenik ak konstriksyon yon kat lyen ki baze sou SSR nan Brassica juncea. Euphytica 2017, 213, NAN. [CrossRef]
- 36. Anandhan, S.; Mote, SR; Gopal, J. Evalyasyon idantite varyete zonyon lè l sèvi avèk makè SSR. Grenn Sci. Teknoloji. 2014, 42, 279 285-. [CrossRef]
- 37. Mitrova, K.; Svoboda, P.; Ovesna, J. Seleksyon an ak validation nan yon seri makè pou diferansyasyon nan cultivar zonyon soti nan Repiblik Tchekoslovaki. Czech J. Genet. Plant Race. 2015, 51, 62 67-. [CrossRef]
- 38. Di Rienzo, V.; Miazzi, MM; Fanelli, V.; Sabetta, W.; Montemurro, C. Prezèvasyon ak karakterizasyon divèsite biyolojik jèmplasm oliv Apulian. Acta Hortic. 2018,1199,1-6. [CrossRef]
- 39. Mallor, C.; Arnedo-Andres, A.; Garces-Claver, A. Evalye divèsite jenetik Panyòl allium cepa peyi pou elvaj zonyon lè l sèvi avèk makè mikwosatelit. Sci. Hortic. 2014,170,24-31. [CrossRef]
- 40. Rivera, A.; Mallor, C.; Garces-Claver, A.; Garcia-Ulloa, A.; Pomar, F.; Silvar, C. Evalye divèsite jenetik nan zonyon (allium cepa L.) peyi ki soti nan nòdwès Espay ak konparezon ak varyasyon Ewopeyen an. NZJ Crop Hortic. 2016, 44,103-120. [CrossRef]
- 41. De Giovanni, C.; Pavan, S.; Taranto, F.; Di Rienzo, V.; Miazzi, MM; Marcotrigiano, AR; Mangini, G.; Montemurro, C.; Ricciardi, L.; Lotti, C. Varyasyon jenetik nan yon koleksyon jèmplasm mondyal nan chich (Cicer arietinum L.) ki gen ladan asansyon Italyen ki riske ewozyon jenetik. Fizyol. Mol. Biol. Plant yo 2017, 23,197-205. [CrossRef]
- 42. Mazzeo, R.; Morgese, A.; Sonnante, G.; Zuluaga, DL; Pavan, S.; Ricciardi, L.; Lotti, C. Divèsite jenetik nan bwokoli rabe (Brassica rapa L. subsp. sylvestris (L.) Janch.) soti nan Sid Itali. Sci. Hortic. 2019, 253,140-146. [CrossRef]
- 43. Jakse, M.; Martin, W.; McCallum, J.; Havey, M. Single nucleotide polymorphisms, indels, ak senp sekans repete pou idantifikasyon cultivar zonyon. J. Am. Soc. Hortic. Sci. 2005,130, 912 917-. [CrossRef]
- 44. McCallum, J.; Thomson, S.; Pither-Joyce, M.; Kenel, F. analiz divèsite jenetik ak yon sèl-nukleotid polymorphism makè devlopman nan kiltive zonyon anpoul ki baze sou eksprime sekans tag-senp sekans repete makè. J. Am. Soc. Hortic. Sci. 2008,133, 810 818-. [CrossRef]
- 45. Baldwin, S.; Pither-Joyce, M.; Wright, K.; Chen, L.; McCallum, J. Devlopman solid jenomik makè repete sekans senp pou estimasyon divèsite jenetik nan ak nan mitan zonyon anpoul (Allium cepa L.) popilasyon yo. Mol. Kwaze. 2012, 30,1401-1411. [CrossRef]
- 46. DeWoody, JA; Honeycutt, RL; Skow, LC Microsatellite makè nan sèf keu blan. J. Hered. 1995, 86, 317-319. [CrossRef] [PubMed]
- 47. Khodadadi, M.; Hassanpanah, D. zonyon Iranyen (Allium cepa L.) kiltirèl repons a depresyon endogami. Aplikasyon Mondyal la. Sci. J. 2010,11, 426 428-.
- 48. Abdou, R.; Bakasso, Y.; Saadou, M.; Baudoin, JP; Hardy, OJ Divèsite jenetik nan zonyon Nijè (Allium cepa L.) evalye pa senp makè repete sekans (SSR). Acta Hortic. 2016,1143, 77-90. [CrossRef]
- 49. Pavan, S.; Lotti, C.; Marcotrigiano, AR; Mazzeo, R.; Bardaro, N.; Bracuto, V.; Ricciardi, F.; Taranto, F.; D'Agostino, N.; Schiavulli, A.; et al. Yon gwoup jenetik diferan nan chich kiltive jan yo revele pa dekouvèt makè nan tout genòm ak jenotip. Genomic Plant 2017, 2017,10. [CrossRef]
- 50. Pavan, S.; Marcotrigiano, AR; Ciani, E.; Mazzeo, R.; Zonno, V.; Ruggieri, V.; Lotti, C.; Ricciardi, L. Genotype-pa-sekans nan yon melon (Cucumis melo L.) koleksyon jèmplasm ki soti nan yon sant segondè divèsite mete aksan sou modèl varyasyon jenetik ak karakteristik jenomik diferan pisin jèn yo. BMC Genom. 2017, 18, 59. [CrossRef]
- 51. Di Rienzo, V.; Sion, S.; Taranto, F.; D'Agostino, N.; Montemurro, C.; Fanelli, V.; Sabetta, W.; Boucheffa, S.; Tamendjari, A.; Pasqualone, A.; et al. Koule jenetik nan mitan popilasyon oliv nan basen Mediterane a. Parèy J. 2018, 6. [CrossRef]
- 52. Shepherd, LD; McLay, TG De pwotokòl mikwo-echèl pou izolasyon ADN nan tisi plant ki rich ak polisakarid. J. Plant Res. 2011,124, 311 314-. [CrossRef]
- 53. Doyle, JJ; Doyle, JL Izolasyon ADN plant nan tisi fre. Konsantre 1990,12,13-14.
- 54. Kuhl, JC; Cheung, F.; Qiaoping, Y.; Martin, W.; Zewdie, Y.; McCallum, J.; Catanach, A.; Rutherford, P.; Lavabo, KC; Jenderek, M.; et al. Yon seri inik nan 11,008 tags sekans eksprime zonyon revele sekans eksprime ak diferans jenomik ant lòd yo monocot asparagales ak poales. Plant selil 2004,16, 114 125-. [CrossRef]
- 55. Kim, HJ; Lee, HR; Hyun, JY; Chante, KH; Kim, KH; Kim, JE; Hur, CG; Harn, CH Marker devlopman pou tès pite jenetik zonyon lè l sèvi avèk SSR Finder. Koreyen J. Race. Sci. 2012, 44, 421 432-. [CrossRef]
- 56. Schuelke, M. Yon metòd ekonomik pou etikèt fliyoresan fragman PCR. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 233 234-. [CrossRef] [PubMed]
- 57. Peakall, R.; Smouse, PE GenAlEx 6.5: analiz jenetik nan Excel. Lojisyèl jenetik popilasyon pou ansèyman ak rechèch: Yon aktyalizasyon. Bioinformatics 2012, 28, 2537 2539-. [CrossRef] [PubMed]
- 58. Kalinowski, ST; Taper, ML; Marshall, TC Revize fason pwogram òdinatè CERVUS akomode erè jenotip ogmante siksè nan plasman patènite. Mol. Ekol. 2007,16,1099-1106. [CrossRef]
- 59. Pritchard, JK; Stephens, M.; Rosenberg, NA; Donnelly, P. Asosyasyon kat jeyografik nan popilasyon estriktire. Am. J. Hum. Genet. 2000, 67, 170-181. [CrossRef]
- 60. Evano, G.; Regnaut, S.; Goudet, J. Detekte kantite gwoup moun ki itilize lojisyèl ESTRIKTI: Yon etid simulation. Mol. Ekol. 2005,14, 2611 2620-. [CrossRef]
- 61. Earl, D.; VonHoldt, B. STRUCTURE HARVESTER: Yon sitwèb ak pwogram pou vizyalize pwodiksyon STRUCTURE ak aplike metòd Evano. Konsèv. Genet. Resous. 2011, 4. [CrossRef]
- 62. Takezaki, N.; Nei, M.; Tamura, K. POPTREEW: Vèsyon entènèt POPTREE pou konstwi pyebwa popilasyon apati done frekans alèl ak kalkile kèk lòt kantite. Mol. Biol. Evol. 2014, 31, 1622-1624. [CrossRef]
- 63. Kumar, S.; Stecher, G.; Li, M.; Knyaz, C.; Tamura, K. MEGA X. Molekilè analiz jenetik evolisyonè atravè platfòm enfòmatik. Mol. Biol. Evol. 2018, 35,1547-1549. [CrossRef]